基本介绍
副院长，教授，博士生导师
专业方向
功能基因组学与生物信息学
非编码RNA调控网络与重大疾病
高通量测序数据分析与应用
病原体-宿主之间的相互作用网络
合成生物学（核酸治疗）
机器学习/深度学习算法开发
教育经历
2009.09-2012.06 中山大学生命科学学院 生物化学与分子生物学 博士
2006.09-2009.06 中山大学生命科学学院 信息生物学 硕士
2002.09-2006.06 东北林业大学 计算机系 本科
工作经历
2025.04至今 中山大学 教授
2017.01-2025.03 中山大学 副教授
2012.07-2016.12 中山大学 讲师
科研成果
中山大学农业与生物技术学院教授，副院长。长期致力于非编码调控元件挖掘及数据平台建立，利用基因组、转录组、表观组、翻译组等多组学技术，开发人工智能算法和数据库，探究基因组中非编码调控序列的功能。在国际杂志上发表论文23篇，其中1篇文章受到Science编辑点评，1篇文章入选ESI高被引论文。近年来主要采用多维高通量组学技术研究病原生物-宿主之间的相互作用网络。建立了全面的非编码RNA数据库tModBase、deepBase 2.0，dreamBase，ColorCells, exomiR-Explorer等，并开发了专门从高通量测序数据中挖掘tRNA及其修饰特征的工具。代表性成果发表在NAR、PNAS、Briefings in bioinformatics、Plant Biotechnol J等多个专业领域杂志上。获得多项国家自然科学基金的资助，包括青年基金、面上项目等，同时还获得了 “广州市珠江科技新星”项目资助。担任中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员，以及中国生物化学与分子生物学会核糖核酸专业青年委员会委员，多次受邀在重要国内学术会议上进行大会报告，并获得“第十届全国核糖核酸（RNA）学术讨论会”优秀青年学术报告奖。受邀担任担Biomolecules期刊的组稿编辑，建设“ Single Cell RNA Sequencing Approaches in Immunology ”特邀专刊，并担任NC，NAR，BMC Biology，Science China Life Science 等杂志的审稿人，参与撰写《RNA 研究中的重大科学问题-学科发展战略系列研究报告》、《非编码基因生物学研究进展（生物化学与分子生物学学科发展报告）》等。
期刊论文：
Mei SQ, Huang JJ, Zhang Z, Lei HT, Huang QJ, Qu LH, Zheng LL*. InfoScan: A New Transcript Identification Tool Based on scRNA-Seq and Its Application in Glioblastoma. International Journal of Molecular Sciences. 2025 Feb 28;26(5):2208.
Sun Y, Huang ZL, Chen WX, Zhang YF, Lei HT, Huang QJ, Lun ZR, Qu LH*, Zheng LL*. GateView: A Multi-Omics Platform for Gene Feature Analysis of Virus Receptors within Human Normal Tissues and Tumors. Biomolecules. 2024 Apr 25;14(5):516.
Lei HT, Wang ZH, Li B, Sun Y, Mei SQ, Yang JH, Qu LH, Zheng LL*, tModBase: deciphering the landscape of tRNA modifications and their dynamic changes from epitranscriptome data, Nucleic Acids Research. 2023 Jan 6;51(D1):D315–D327.
Liu X, Wen YZ, Huang ZL, Shen X, Wang JH, Luo YH, Chen WX, Lun ZR, Li HB, Qu LH*, Shan H*, Zheng LL*. SARS-CoV-2 causes a significant stress response mediated by small RNAs in the blood of COVID-19 patients. Mol Ther Nucleic Acids. 2022 Mar 8;27:751-762.（Elsevier认证关联联合国可持续发展目标3）
Huang ZL, Xia ST, Mei SQ, Wen YZ, Liu JL, Dong CZ, Chen WX, Yu PJ, Qu LH, Luo YM*, Zheng LL*. Integrated Analysis Reveals the Characteristics and Effects of SARS-CoV-2Maternal-Fetal Transmission. Frontiers In Microbiology. 2022 Jan 27;13:813187.
Wang JH, Chen WX, Mei SQ, Yang YD, Yang JH*, Qu LH*, Zheng LL*. tsRFun: a comprehensive platform for decoding human tsRNA expression, functions and prognostic value by high-throughput small RNA-Seq and CLIP-Seq data. Nucleic Acids Research. 2021 Nov 10;50(D1):D421–D431.
Cai L, Xuan JJ, Lin Q, Wang JH, Liu S, Xie FZ, Zheng LL*, Bin Li*, Qu LH*, Yang JH*. Pol3Base: a resource for decoding the interactome, expression, evolution, epitranscriptome and disease variations of Pol III-transcribed ncRNAs. Nucleic Acids Research. 2021 Nov 8;50(D1):D279–D286.
Lin MH, Chen YQ, Xia ST, He ZM, Yu XG, Huang LH, Lin SB, Liang BR, Huang ZL, Mei SQ,Liu D, Zheng LL*, Luo YM*. Integrative profiling of extrachromosomal circular DNA in placenta and maternal plasma provides insights into the biology of fetal growth restriction and reveals potential biomarkers. Frontiers In Genetics. 2023 Jul 5;14:1128082.
Diao LT, Xie SJ, Yu PJ, Sun YJ, Yang F, Tan YY, Tao S, Hou YR, Zheng LL*, Xiao ZD*, Zhang Q*. N6-methyladenine demethylase ALKBH1 inhibits the differentiation of skeletal muscle. Experimental Cell Research.2021 Mar 15;400(2):112492.
Tan YY, Zhang Y, Li B, Ou YW, Xie SJ, Chen PP, Mei SQ, Huang QJ, Zheng LL*, Qu LH*. PERK Signaling Controls Myoblast Differentiation by Regulating MicroRNA Networks. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2021 May 28;9:670435.
Zheng LL, Xiong JH, Zheng WJ, Wang JH, Huang ZL, Chen ZR, Sun XY, Zheng YM, Zhou KR, Li B, Liu S, Qu LH, Yang JH*. ColorCells: A database of expression, classification and functions of lncRNAs in single cells. Briefings in Bioinformatics. 2020 Dec 14;22(4):bbaa325.
Xie FZ, Liu SR, Wang JH, Xuan JJ, Zhang XQ*, Qu LH*, Zheng LL*, Yang JH*. deepBase v3.0: expression atlas and interactive analysis of ncRNAs from thousands of deep-sequencing data. Nucleic Acids Research. 2020 Nov 11;49(D1):D877–D883.
郑凌伶，戚益军，屈良鹄. 走向国际科技前沿的中国RNA研究. 中国科学:生命科学. 2019;49(10):1323-1335.
郑凌伶. “真凶密码—DNA指纹图谱制作思路”微课教案. 高校生物学教学研究. 2019,9(1):5-6.
Zheng LL, ZhouKR, Liu S, Zhang DY, Wang ZL, Chen ZR, Yang JH, Qu LH. dreamBase: DNA modification, RNA regulation and protein binding of expressed pseudogenes in human health and disease. Nucleic Acids Research. 2018 Jan 4;46(D1):D85-D91.
Zheng LL, DengKW, Deng AC, Wu J, Yang JH, Lun ZR, Qu LH. Exo-miRExplorer: A Comprehensive Resource for Exploring and Comparatively Analyzing Exogenous MicroRNAs. Frontiers In Microbiology. 2017 Feb 1;8:126.
Zheng LL, XuWL,Liu S, SunWJ, LiJH, Wu J, YangJH, Qu LH.tRF2Cancer: A web server to detect tRNA-derived small RNA fragments (tRFs) and their expression in multiple cancers. Nucleic Acids Research. 2016 May 13;44(W1):W185–W193.
Zheng LL, LiJH, Wu J, SunWJ,Liu S, Wang Zl, Zhou H, Yang JH, Qu LH. deepBase v2.0: Identification, Expression, Evolution and Function of Small RNAs, LncRNAs and Circular RNAs from Deep-sequencing Data. Nucleic Acids Research.2015 Nov 20;44(D1):D196–D202. （ESI高被引论文）
Zheng LL andQu LH.Application of microRNA gene resources in the improvement of agronomic traits in rice. Plant Biotechnology Journal. 2015 Apr;13(3):329-36.
Zheng LL, Wen YZ, Yang JH, Liao JY, Shao P, Xu H, Zhou H, Wen JZ, Lun ZR, Francisco J Ayala and Liang-Hu Qu. Comparative transcriptome analysis of small noncoding RNAs in different stages of Trypanosoma brucei. RNA. 2013 Jul;19(7):863-75.
Wen YZ1, Zheng LL1 (共同第一作者), Liao JY, Wang MH, Wei Y, Guo XM, Qu LH, Francisco J. Ayala, and Zhao-Rong Lun. Pseudogene-derived small interference RNAs regulate gene expression in African Trypanosoma brucei. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2011 May 17;108(20):8345-50.
被《Science》杂志评选为”Editor’s Choice”. Science. 2011 May 20; 332:896.
Zheng LL and Qu LH. Computational RNomics: structure identification and functional prediction of non-coding RNAs in silico. ScienceChina Life Sciences.2010 May.53(5):548-62.
Li JH1, Liu S1, Zheng LL1 (共同第一作者), Wu J, Sun WJ, Wang ZL, Zhou H, Qu LH, Yang JH. Discovery of Protein-lncRNA Interactions by Integrating Large-Scale CLIP-Seq and RNA-Seq Datasets. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 2015 Jan 14;2:88.
Xu WL, Yang Y, Wang YD, Qu LH and Zheng LL (通讯作者). Computational Approaches to tRNA-Derived Small RNAs. Non-Coding RNA 2017 Jan 4;3(1):2.
Wen YZ, Zheng LL, Qu LH, Francisco J Ayala and Zhao-Rong Lun. Pseudogenes are not pseudo any more. RNA Biology. 2012, 9(1): 27–32.
Liao JY, Guo YH, Zheng LL, Li Y, Xu WL, Zhang Y-C, Zhou H, Lun ZR, Ayala F, Qu LH,. Both endo-siRNAs and tRNA-derived small RNAs are involved in the differentiation of primitive eukaryote Giardia lamblia. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.2014 Sep 30;111(39):14159-64.
Lun ZR, Lai DH, Wen YZ, Zheng LL, Shen JL, Yang TB, Zhou WL, Qu LH, Hide G, Ayala FJ. Cancer in the parasitic protozoans Trypanosoma brucei and Toxoplasma gondii. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.2015 Jul 21;112(29):8835-42.
Lin RH, Lai DH, Zheng LL, Wu J, Lukeš Js, Hide G, Lun ZR. Analysis of the mitochondrial maxicircle of Trypanosoma lewisi, a neglected human pathogen. Parasit Vectors. 2015 Dec 30;8:665.
Zhang YJ, Yang JH, Shi QS, Zheng LL, Liu J, Zhou H, Zhang H, Qu LH. Rapid Birth-and-Death Evolution of Imprinted snoRNAs in the Prader-Willi Syndrome Locus: Implications for Neural Development in Euarchontoglires. PLoS One. 2014 Jun 19;9(6):e100329.
Zhou KR, Liu S, Sun WJ, Zheng LL, Zhou H, Yang JH, Qu LH. ChIPBase v2.0: decoding transcriptional regulatory networks of non-coding RNAs and protein-coding genes from ChIP-seq data. Nucleic Acids Research. 2016 Oct 23;45(D1):D43–D50.
Wen JZ, Liao LY, Zheng LL, Xu H, Yang JH, Guan DG, Zhang SM, Zhou H, Qu LH. A Contig-Based Strategy for the Genome-Wide Discovery of MicroRNAs without Complete Genome Resources. PLoS One. 2014 Feb 7;9(2):e88179.
Xuan JJ, Sun WJ, Lin PH, Zhou KR, Liu S, Zheng LL, Qu LH, Yang JH. RMBase v2.0: deciphering the map of RNA modifications from epitranscriptome sequencing data. Nucleic Acids Research. 2017 Oct 10;46(D1):D327–D334.
Shao P, Liao LY, Guan DG, Yang JH, Zheng LL, Jing Q, Zhou H, Qu LH. Drastic expression change of transposon-derived piRNA-like RNAs and microRNAs in early stages of chicken embryos implies a role in gastrulation. RNA Biology. 2012 Feb;9(2):212-27.
Han BW, Feng DD, Li ZG, Luo XQ, Zhang H, Li XJ, Zhang XJ, Zheng LL, Zeng CW, Lin KY, Zhang P, Xu L, Chen YQ. A set of miRNAs that involve in the pathways ofdrug resistance and leukemic stem-cell differentiation is associated with therisk of relapse and glucocorticoid response in childhood ALL. Human Molecular Genetics. 2011 Dec 15;20(24):4903-15.
主要论著：
Ling-Ling Zheng, Jian-You Liao, Yan-Zi Wen, Geoff Hide*, Liang-Hu Qu* and Zhao-Rong Lun*.Different Types of Small RNAs in Protozoa. Springer.2016.(ISBN: 978-3-319-39494-7).
会议论文：
Ling-Ling Zheng and Liang-Hu Qu. High-throughput analysis of small RNAs reveals the existence and dramatic changes of ncRNAs during differentTrypanosoma brucei developmentally regulation stages. 2010, The Sixth National Symposium on Ribonucleic Acid (RNA), Guangzhou, China
郑凌伶，屈良鹄 计算RNA组学分析平台在真核生物非编码RNA及比较转录组学研究中的应用.2012，The Seventh National Symposium on Ribonucleic Acid (RNA), Chengdu, China
专利：
发 明 人： 郑凌伶;黄巧娟;屈良鹄;杨建华，一种大规模单细胞分型方法、系统及存储介质。专利号：ZL202110118686.4，授权公告日：2023年08月22日，授权公告号：CN112908414B
科研项目
主持项目：
国家自然科学基金、基于AI模型设计阻抑tRNA分子实现通读提前终止密码子的研究、（50万）
国家自然科学基金、tRNA衍生的小RNA在癌症中的表达及其介导的调控网络研究、郑凌伶（65万）
国家自然科学基金、病毒感染引发tsRNA生成的分子机制及其介导的调控网络研究、郑凌伶（55万）
国家自然科学基金、原生生物miRNA的系统鉴定与起源分析、郑凌伶（25万）
广州市科技计划、基于高通量测序数据研究寄生虫非编码基因的种类、特征及功能、郑凌伶（30万）
广东省科技计划、tsRNA作为肝细胞癌早期诊断及预后的新型分子指标研究、郑凌伶（10万）
广东省科技计划、基于长非编码RNA的细胞分类模型及功能网络研究（10万）
国家重点实验室、SARS-CoV-2病毒感染引起的宿主转录组及小RNA组特异性分子筛查研究（10万）
中山大学青年教师培育项目、基于双重RNA-seq方法构建寄生虫-宿主互作调控网络、郑凌伶（10万）
参与项目：
国家重点研发计划、表观转录组及 RNA 大分子互作筛选技术、徐迅（2000万）
国家重点研发计划、新型长链非编码RNA(lncRNA)-蛋白质机器介导的表观、陈月琴（934万）
国家自然科学基金、Wnt/β-catenin信号通路中microRNA的表达调控及功能研究、屈良鹄（299万）
国家自然科学基金、自然和人工诱导布氏锥虫分化的分子机理、伦照荣（89万）
国家自然科学基金、基于机器学习的生物医学大数据挖掘理论与方法研究、戴道清（450万）
国家自然科学基金、植物生殖发育相关的长链非编码RNA功能与调控机制、陈月琴（290万）
广州市科技计划项目、非编码RNA基因资源的发掘与利用、屈良鹄（165万）
广州市科技计划项目、microRNA及其靶向的蓝铜蛋白调控水稻产量的作用机制和应用研究、陈月琴（165万）
珠海市科技计划项目、基于双转录组分析技术筛选新型冠状病毒感染的特异性分子标志物及其功能研究（7万）
社会兼职
中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员；
中国生物化学与分子生物学会核糖核酸专业青年委员会委员；
受邀担任Biomolecules期刊组稿编辑，建设“ Single Cell RNA Sequencing Approaches in Immunology ”特邀专刊，并担任NAR，BMC Biology，Science China Life Science 等杂志的审稿人。
