基本介绍
黄志坚
博士，教授，博士生导师
专业方向
养殖动物健康养殖生态系统微生物生态和水产合成微生物组
研究内容：
养殖动物健康养殖生态系统的构建和评价、养殖生态系统微生物驱动的物质能量循环和机制、生态健康养殖模式构建与优化、养殖生态系统形成与演替、水产合成微生物组
课题组长期招聘博士后、优秀研究生（硕士和博士）和本科生，欢迎具有相关研究背景的应聘者将简历发送至lsshzhj@mail.sysu.edu.cn
人才项目
2022年：农业农村部现代产业技术体系国家虾蟹产业技术体系虾病害生态防控岗位科学家
教育经历
1999年9月至2002年7月，中山大学水生生物学专业，理学博士
1996年9月至1999年7月，中山大学动物学专业，理学硕士
1988年9月至 1992年7月，湖南农业大学淡水渔业专业，农学学士
工作经历
2024年10月至今，中山大学农业与生物技术学院，教授
2014年1月至2024年10月，中山大学海洋科学学院
2002年7月至2014年1月，中山大学生命科学学院
2004年10月至 2005年10月，美国橡树岭国家实验室周集中院士实验室，访问学者
1992年7月至1996年8月，湖南农业大学动物科技学院
科研成果
中山大学农业与生物技术学院教授，“水产合成微生物组”团队负责人。担任国家虾蟹产业技术体系虾病害生态防控岗位科学家，中国水产学会水产微生物生态与资源专业委员会委员，广东省动物学会理事，广东省水生动物疫病防控技术服务专家。长期从事虾类病害与养殖生态的基础研究和应用技术研究，揭示凡纳滨对虾养殖池塘生态系统对虾肠道、水体和底泥的微生态机制；突破疾病病原确定瓶颈，提出病因确定的微生态科赫法则新概念，发展传统科赫法则；提出虾类养殖生态系统“养殖环境-肠道微生物-宿主健康”中心法则新理论；建立高效、生态、健康的虾类养殖新模式，发展一体化健康（One Health）微生物生态精准干预生态养殖策略。基于对虾疾病发生的微生态机制，联合国家虾蟹产业技术体系综合试验站和相关企业建立对虾生态健康养殖模式，平均单造亩产5000kg以上。担任微生物学顶级学术期刊Microbiome和Animal Microbiome的Associate Editor，主持和参加国家和省部级项目40余项，在Microbiome、Nature Communications等杂志发表论文百余篇，总引用超4000次。申请专利17件，获授权专利8件。
近年发表论文(*通讯作者)
34) Shen-Zheng Zeng, Yu-Chan Zhang, Rui-Rui He, Hui-Yin Pang, Zhi-Jian Huang, Zhi-Xuan Deng, Ren-Jun Zhou, Xiao-Cheng Tang, Tian-Hao Li, Juan-Rong Lv, Qiao-Juan Huang, Jia-Biao Yang, Shao-Ping Weng, Jian-Guo He1, Yue-Qin Chen. Gn1a rice promotes symbiotic fish growth via reprogramming soil microbiome. bioRxiv, 2026, https://doi.org/10.64898/2026.01.13.699285.
33) Hao Yang, Anyu Liu, Xinnan Luo, Tingxiang Yang, Xiating Yuan, Zhen Wang,Zhijian Huang*, Dong Hao Wang. Identification and Quantitative Analysis of Unusual Unsaturated Fatty Acid Isomers in Fresh and Dry Marine Invertebrates by Covalent Adduct Chemical Ionization Mass Spectrometry. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2026, https://doi.org/10.1021/acs.jafc.5c12624.
32) Dongdong Wei, Chengguang Xing, Shenzheng Zeng, Dongwei Hou, Zhixuan Deng, Xinghai Long, Hao Wang, Renjun Zhou, Lingfei Yu, Nana Shu, Zhonghu Tao, Xi Zhou, Shaoping Weng, Jianguo He, Zhijian Huang*. The crayfish-rice coculture model contributes to regulating the soil fertility of rice fields and maintaining the stability of soil microbial community composition and function. Advanced Biotechnology, 2026, 4:18. https://doi.org/10.1007/s44307-026-00106-x2026.
31) Shenzheng Zeng, Zhijian Huang*, Satapornvanit Kriengkrai, Renjun Zhou, Derun Yuan, Nguyễn Văn Tuấn, Zhiming Zhu, Luwei Zheng, Qilu Hou, Xuanting Li, Qi Chen, Lingyu Zhang, Dongwei Hou, Zhixuan Deng, Shicheng Bao, Wenjun Wang, Sukontorn Khoruamkid, Goh Soo Loon, Shaoping Weng, Jianguo He. Warming-driven migration of enterotypes mediates host health and disease statuses in ectotherm Litopenaeus vannamei. Communications Biology, 2025, 8:126.
30) Shenzheng Zeng, Jianguo He, Zhijian Huang*. The intestine microbiota of shrimp and its impact on cultivation. Applied Microbiology and Biotechnology, 2024, 108:362. https://doi.org/10.1007/s00253-024-13213-3
29) Xuanting Li, Xisha Deng, Dongwei Hou, Shenzheng Zeng, Zhixuan Deng, Renjun Zhou, Lingyu Zhang, Qilu Hou, Qi Chen, Shaoping Weng, Jianguo He, Zhijian Huang*. Effects of water ammonia nitrogen on hemolymph and intestinal microbiota of Litopenaeus vannamei. Advanced Biotechnology, 2024, 2:1. https://doi.org/10.1007/ s44307-023-00008-2.
28) Dongwei Hou, Bin Yin, Sheng Wang, Haoyang Li, Shaoping Weng, Xiewu Jiang, Hui Li, Chaozheng Li, Jianguo He, Zhijian Huang*. Intestine bacterial community affects the growth of the Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). Applied Microbiology and Biotechnology, 2024, 10.1007/s00253-023-12897-3
27) Xiafei Zheng, Dongwei Hou, Zhijian Huang*, Zhili He, Jianguo He, Qingyun Yan. Microeukaryotic community dynamics and assembly mechanisms in shrimp aquaculture ponds. Aquaculture, 2024, 590:741091.
26) Shicheng Bao, Wenjun Wang, Zhixuan Deng, Renjun Zhou, Shenzheng Zeng, Dongwei Hou, Jianguo He, Zhijian Huang*. Changes of bacterial communities and bile acid metabolism reveal the potential “intestine-hepatopancreas axis” in shrimp. Science of the Total Environment, 2024, 938:173384. https://doi.org/ 10.1016/j.scitotenv. 2024.173384.
25) Dongwei Hou, Renjun Zhou, Zhixuan Deng, Shenzheng Zeng, Shaoping Weng, Jianguo He, Zhijian Huang*. Environmental dispersal and host priority effect alternatively dominate intestinal microbiota succession of cultured shrimp along with host development. Marine Life Science & Technology, 2024, https://doi.org/10.1007/s42995-024-00236-y.
24) Yifan Xu, Huanping Liu, Yufeng Yang, Hongtao Shen, Ruimin Zhang, Cheng Wang, Zhijian Huang, Jianguo He, Zhili He, Qingyun Yan. Assessment of carbon sink potential and methane reduction scenarios of marine macroalgae (Gracilaria) cultivation. Science China Earth Sciences, 2023, 66, https://doi.org/10.1007/s11430-022-1053-3.
23) 徐一凡, 刘焕平, 杨宇峰, 沈洪涛, 张睿敏, 王成, 黄志坚, 何建国, 贺志理, 颜庆云. 大型海藻江蓠（Gracilaria）栽培碳汇潜力评估及甲烷减排情景分析. 中国科学: 地球科学, 2023, 53, doi: 10.1360/SSTe-2022-0104.
22) Lu Qian, Xiaoli Yu, Hang Gu, Fei Liu, Yijun Fan, Cheng Wang, Qiang He, Yun Tian, Yisheng Peng, Longfei Shu, Shanquan Wang, Zhijian Huang, Qingyun Yan, Jianguo He, Guangli Liu, Qichao Tu, Zhili He. Vertically stratified methane, nitrogen and sulphur cycling and coupling mechanisms in mangrove sediment microbiomes. Microbiome, 2023, 11:71. https://doi.org/10.1186/s40168-023-01501-5.
21) Xiaoli Yu, Qichao Tu, Jihua Liu, Yisheng Peng, Cheng Wang, Fanshu Xiao, Yingli Lian, Xueqin Yang, Ruiwen Hu, Huang Yu, Lu Qian, Daoming Wu, Ziying He, Longfei Shu, Qiang He, Yun Tian, Faming Wang, Shanquan Wang, Bo Wu, Zhijian Huang, Jianguo He, Qingyun Yan, and Zhili He. Environmental selection and evolutionary process jointly shape genomic and functional profiles of mangrove rhizosphere microbiomes. mLife. 2023,1-14.
20) Renjun Zhou, Dongwei Hou, Shenzheng Zeng, Dongdong Wei, Lingfei Yu, Shicheng Bao, Shaoping Weng, Jianguo He*, Zhijian Huang*. Sedimentary Nitrogen and Sulfur Reduction Functional-Couplings Interplay With the Microbial Community of Anthropogenic Shrimp Culture Pond Ecosystem. Frontiers in Microbiology, 2022, 13: Article 830777. doi: 10.3389/fmicb.2022.830777.
19) Fanshu Xiao, Wengen Zhu, Yuhe Yu, Jie Huang, Juan Li, Zhili He, Jianjun Wang, Huaqun Yin, Huang Yu, Shengwei Liu, Pubo Chen, Zhijian Huang, Jianguo He, Cheng Wang, Longfei Shu, Qingyun Yan. Interactions and Stability of Gut Microbiota in Zebrafish Increase with Host Development. Microbiology Spectrum, 2022, 10.1128/spectrum.01696-21.
18) Dongwei Hou, Renjun Zhou, Dongdong Wei, Shenzheng Zeng, Shaoping Weng, Qingyun Yan, Jianguo He*, Zhijian Huang*. Abundant and Rare Microbial Communities Respectively Contribute to an Aquaculture Pond Ecosystem. Frontiers in Marine Science, 2022, 9: Article 856126. doi: 10.3389/fmars.2022.856126.
17) Jiaxiong Zeng, Qichao Tu, Xiaoli Yu, Lu Qian, Cheng Wang, Longfei Shu, Fei Liu, Shengwei Liu, Zhijian Huang, Jianguo He, Qingyun Yan*, Zhili He*. PCycDB: a comprehensive and accurate database for fast analysis of phosphorus cycling genes. Microbiome, 2022, 10:101. https://doi.org/10.1186/s40168-022-01292-1.
16) Zhixuan Deng, Shenzheng Zeng, Renjun Zhou, Dongwei Hou, Shicheng Bao, Linyu Zhang, Qilu Hou, Xuanting Li, Shaoping Weng, Jianguo He*, Zhijian Huang*. Phage-prokaryote coexistence strategy mediates microbial community diversity in the intestine and sediment microhabitats of shrimp culture pond ecosystem. Frontiers in Microbiology, 2022, 13:1011342. doi: 10.3389/fmicb.2022.1011342.
15) Ying Chen, Fan Nie, Shang-Qian Xie, Ying-Feng Zheng, Qi Dai, Thomas Bray, Yao-Xin Wang, Jian-Feng Xing, Zhi-Jian Huang, De-Peng Wang, Li-Juan He, Feng Luo, Jian-Xin Wang, Yi-Zhi Liu, Chuan-Le Xiao. Efficient assembly of Nanopore reads via highly accurate and intact error correction. Nature Communications, 2021, 12:60. https://doi.org/10.1038/s41467-020-20236-7.
14) Xiao Fanshu#, Zhu Wengen#, Yu Yuhe, He Zhili, Wu Bo, Wang Cheng, Shu Longfei, Li Xinghao, Yin Huaqun, Wang Jianjun, Juneau Philippe, Zheng Xiafei, Wu Yongjie, Li Juan, Chen Xiaojuan, Hou Dongwei, Huang Zhijian, He Jianguo, Xu Guohuan, Xie Liwei, Huang Jie*, Yan Qingyun*. Host development overwhelms environmental dispersal in governing the ecological succession of zebrafish gut microbiota. npj Biofilms and Microbiomes, 2021, 7:5. https://doi.org/10.1038/s41522-020-00176-2.
13) Renjun Zhou, Hao Wang, Dongdong Wei, Shenzheng Zeng, Dongwei Hou, Shaoping Weng, Jianguo He*, Zhijian Huang*. Bacterial and eukaryotic community interactions might contribute to shrimp culture pond soil ecosystem at different culture stages. Soil Ecology Letters, 2021, https://doi.org/10.1007/ s42832-021-0082-6.
12) Shenzheng Zeng, Dongdong Wei, Dongwei Hou, Haojie Wang, Jian Liu, Shaoping Weng, Jianguo He*, Zhijian Huang*. Sediment microbiota in polyculture of shrimp and fish pattern is distinctive from those in monoculture intensive shrimp or fish ponds. Science of The Total Environment, 2021, 787, 147594. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.147594.
11) Dongdong Wei, Chengguang Xing, Dongwei Hou, Shenzheng Zeng, Renjun Zhou, Lingfei Yu, Hao Wang, Zhixuan Deng, Shaoping Weng, Jianguo He*, Zhijian Huang*. Distinct bacterial communities in the environmental water, sediment and intestine between two crayfish-plant coculture ecosystems. Applied Microbiology and Biotechnology, 2021, 105, 5087–5101. https://doi.org/10.1007/s00253-021-11369-w.
10) Dongwei Hou, Renjun Zhou, Shenzheng Zeng, Dongdong Wei, Xisha Deng, Chengguang Xing, Shaoping Weng, Jianguo He*, Zhijian Huang*. Stochastic processes shape the bacterial community assembly in shrimp cultural pond sediments. Applied Microbiology and Biotechnology, 2021, 105, 5013-5022. https://doi.org/10.1007/s00253-021-11378-9.
9) Zhijian Huang*, Dongwei Hou, Renjun Zhou, Shenzheng Zeng, Chengguang Xing, Dongdong Wei, Xisha Deng, Lingfei Yu, Hao Wang, Zhixuan Deng, Shaoping Weng, Daliang Ning, Chuan-Le Xiao, Qingyun Yan, Jizhong Zhou, Zhili He, Jianguo He. Environmental water and sediment microbial communities shape intestinal microbiota for host health: the central dogma in anthropogenic aquaculture ecosystem. Frontiers in Microbiology, 2021, DOI:10.3389/ fmicb.2021.772149.
8) Shenzheng Zeng, Renjun Zhou, Shicheng Bao, Xuanting Li, Zhixuan Deng, Dongwei Hou, Shaoping Weng, Jianguo He*, Zhijian Huang*. Identification of Multigene Biomarker for Shrimp White Feces Syndrome by Full-Length Transcriptome Sequencing. Frontiers in Genetics. 2020, 11, Article 71.
7) Zhijian Huang*, Shenzheng Zeng, Jinbo Xiong, Dongwei Hou, Renjun Zhou, Chengguang Xing, Dongdong Wei, Xisha Deng, Lingfei Yu, Hao Wang, Zhixuan Deng, Shaoping Weng, Satapornvanit Kriengkrai, Daliang Ning, Jizhong Zhou, Jianguo He*. Microecological Koch’s postulates reveal that intestinal microbiota dysbiosis contributes to shrimp white feces syndrome. Microbiome, 2020, 8:32. https://doi.org/10.1186/s40168-020-00802-3.
6) Ying Chen, Fan Nie, Shang-Qian Xie, Ying-Feng Zheng, Thomas Bray, Qi Dai, Yao-Xin Wang, Jian-feng Xing, Zhi-Jian Huang, De-Peng Wang, Li-Juan He, Feng Luo, Jian-Xin Wang, Yi-Zhi Liu, and Chuan-Le Xiao. Fast and accurate assembly of Nanopore reads via progressive error correction and adaptive read selection. BioRxiv, 2020; doi: http://dx.doi.org/10.1101/2020.02.01.930107.
5) Renjun Zhou, Shenzheng Zeng, Dongwei Hou, Jian Liu, Shaoping Weng, Jianguo He*, Zhijian Huang*. Temporal variation of antibiotic resistance genes carried by culturable bacteria in the shrimp hepatopancreas and shrimp culture pond water. Ecotoxicology and Environmental Safety, 2020, 199: 110738.
4) Shenzheng Zeng, Sukontorn Khoruamkid, Warinphorn Kongpakdee, Dongdong Wei, Lingfei Yu, Hao Wang, Zhixuan Deng, Shaoping Weng, Zhijian Huang*, Jianguo He, Kriengkrai Satapornvanit. Dissimilarity of microbial diversity of pond water, shrimp intestine and sediment in Aquamimicry system. AMB Express, 2020, 10:180.
3) Dongdong Wei, Shenzheng Zeng, Dongwei Hou, Renjun Zhou, Chengguang Xing, Xisha Deng, Lingfei Yu, Hao Wang, Zhixuan Deng, Shaoping Weng, Zhijian Huang*, Jianguo He. Community diversity and abundance of ammonia-oxidizing archaea and bacteria in shrimp pond sediment at different culture stages. Journal of Applied Microbiology, 2020. https://doi.org/10.1111/jam.14846.
2)Dongwei Hou, Renjun Zhou, Shenzheng Zeng, Dongdong Wei, Xisha Deng, Chengguang Xing, Lingfei Yu, Zhixuan Deng, Hao Wang, Shaoping Weng, Jianguo He, Zhijian Huang*. Intestine Bacterial Community Composition of Shrimp Varies under Low- and High-salinity Culture Conditions. Frontiers in Microbiology, 2020. 11:589164. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.589164.
1) Zhijian Huang*, Dongwei Hou, Renjun Zhou, Shenzheng Zeng, Chengguang Xing, Dongdong Wei, Xisha Deng, Lingfei Yu, Hao Wang, Zhixuan Deng, Shaoping Weng, Daliang Ning, Chuanle Xiao, Qingyun Yan, Jizhong Zhou, Zhili He, Jianguo He. Sediment microbial communities contribute to shrimp intestine microbiota in cultural pond ecosystems. ResearchSquare, 2020, DOI:10.21203/ rs.2.24235/v1.
科研项目
主持项目：
1）国家重点研发项目“海洋农业与淡水渔业”重点专项“对虾养殖新发疫病的发生流行规律与防控技术研发与示范”课题二“对虾疫病传染源消除与传播途径切断技术研发”（ 2024YFD2401202），2024年12月—2028年11月，278万元
2）国家重点研发项目“海洋农业与淡水渔业科技创新”重点专项“海水池塘高效养殖技术与生态养殖模式”项目课题五“海水池塘标准化生态工程养殖模式集成与示范”（2023YFD2401705）子课题5-41负责人，2023年12月—2027年12月，40万元
3）国家虾蟹产业技术体系“虾病害生态防控岗位科学家”项目（2026CARS-48-20），2026年1月—2026年12月，70万元
4）国家虾蟹产业技术体系“虾病害生态防控岗位科学家”项目（2025CARS-48-20），2025年1月—2025年12月，70万元
5) 国家虾蟹产业技术体系“虾病害生态防控岗位科学家”项目（2024CARS-48-G01），2024年1月—2024年12月，70万元
6）国家虾蟹产业技术体系“虾病害生态防控岗位科学家”项目（CARS-48-G01），2023年1月—2023年12月，59.5万元
7）国家虾蟹产业技术体系“虾病害生态防控岗位科学家”项目（CARS-48-G01），2022年1月—2022年12月，59.5万元
8）广东省省级科技计划项目“养殖虾类主要疾病精准防控和生态健康养殖模式”（2025A0505020044），2025年7月—2028年6月，50万元
9）汕尾市海洋产业规划研究项目，10万元
10）广东省农业农村厅“池塘多营养层级综合养殖模式示范”项目，主持，2023年1月—2023年12月，250万元
11）广东省科技厅“海水池塘生态工程化养殖技术与模式”（2020B0202010009）项目子课题负责，2020年3月—2023年3月，70万元
12）广西科技重大专项（“尖峰”专项）“南美白对虾设施化生态养殖模式研发与示范”（桂科AA23062047），2023年11月—2026年10月，34.375万元
13）南方海洋科学与工程广东省实验室（珠海）自主科研项目“大型海藻固碳增汇理论与技术研究”（SML2021SP203）“基于大型海藻饲料和微生物组的水产动物碳汇理论”项目，2021年11月—2024年11月，48万元
14）“凡纳滨对虾白便综合征饲料测试实验”项目，2021年8月—2022年8月，30万元
15) “北门江流域及天角潭水利枢纽工程水生生态调查与评价专题”项目，2016年7月—2020年5月，65万元
16) 广东省海洋与渔业局项目“对虾早期死亡综合症环境调控防控技术与示范推广”（粤财农[2016]11号），2016年1月—2016年12月，80万元
17) 广州市科技计划项目“海洋水产品细菌抗生素抗性基因安全检测新技术和机理研究”（ 201510010071），2015年6月—2016年5月，20万元
参加项目：
1）国家虾蟹产业技术体系（2021年）（CARS-48-2021），2021年1月—2021年12月，85万
2）广东省重点领域研发计划“养殖虾蟹重要疾病综合防控技术研究和示范”（2021B020204000），2021年1月—2025年12月，300万
3）水产育种与绿色养殖研究团队，2022年1月—2024年12月，100万
4）广东省农业农村厅项目“南美白对虾种质创制与产业化”，2022年10月—2025年9月，600万
5）广东省科技计划（基地）项目“中国—东盟海水养殖技术‘一带一路’联合实验室建设与海水养殖技术联合研究”，2022年1月—2024年12月，500万
6）广东省自然资源厅项目“海洋药源微生物及天然产物化合物资源库建设”（GDOE[2019]A21号），2019年1月—2021年1月，500万
7）国家虾蟹产业技术体系项目（20174200041090055），2017年1月—2020年12月，5282.5万元
8）广东省科学技术厅项目“广东省水生经济动物良种繁育重点实验室”（2023B1212060023），2022年1月—2025年5月，300万元
奖励：
控制对虾养殖有害微藻和弧菌的益生菌产品创制与应用推广，获得2022中国产学研合作创新与促进奖产学研合作创新成果奖二等奖
多种细菌与凡纳滨对虾肝胰腺坏死症（HPNS）爆发有关，获得第五届广东省期刊优秀作品评选二等奖
社会兼职
中国水产学会水产微生物生态与资源专业委员会委员
中组部国家科技特派团剑河帮扶团水产养殖组专家组成员
广东省动物学会第十四届理事
广东省动物学会第一届监事会监事
广东省水生动物卫生协会第二届理事
广东省水生动物疫病防控技术服务专家
广东省人民政府、教育部、科技部企业科技特派员
广东省科技厅农村科技特派员
Microbiome、Animal Microbiome杂志副编辑（Associate Editor）
Frontiers in Microbiology杂志Guest Associate Editor、Review Editor
ISMEJ、Microbiome、Science of the Total Environment、Journal of Hazardous Materials、Environmental Pollution、Aquaculture等国际杂志审稿人
