我院陈宏鑫助理教授在国际期刊BMC Biology发表科研新成果

       2月6日，我院陈宏鑫助理教授在国际期刊BMC Biology（IF=8.641，中科院生物学大类二区）发表了题为 “Combined pangenomics and transcriptomics reveals core and redundant virulence processes in a rapidly evolving fungal plant pathogen” 的研究论文。

       目前，泛基因组常被用来预测物种的核心基因和非核心基因，然而单从基因在同一物种不同个体间的存在与否来预测其是否为核心基因方法仍有很多不足。因此，该研究选取了快速进化的小麦叶斑病菌（Zymoseptoria tritici）为研究对象，通过对2015年至2016年收集于欧洲不同国家的18个菌株进行全基因组测序，构建泛基因组，同时完成了其中12个菌株在侵染过程不同时间节点的转录组测序。对于核心基因的定义，该论文除了要求其必须存在于所有测序的菌株中，还需满足两个新增条件：（1）不存在任何导致基因失活的序列突变；（2）在所有菌株中均有所表达。在该定义下，论文预测小麦叶斑病菌具有9807个核心基因。在利用T-DNA随机插入构建的一株致病力缺失突变体中，5个连续基因被敲除（其中1个被预测为核心基因，4个为非核心基因）。通过回补实验发现，核心基因的单独回补即可恢复其致病性。该研究为核心基因的预测提出了新的观点，有助于优化候选核心基因的筛选范围，在基因功能验证上为候选基因的优先级提供决策支持。

      我院陈宏鑫助理教授为论文第一作者，英国洛桑研究所（Rothamsted Research）Jason Rudd研究员为通讯作者，英国洛桑研究所为论文第一单位。

全文链接：https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-023-01520-6

（初审：陈宏鑫  审核：辛国荣  终审：程月华）